Подключение через ssh туннель с помощью putty

В настройках Connection → SSH → Tunnels, в поле Source port указать порт vnc 5900, в поле Destination указать локальный порт 127.0.0.1:5900, далее нажать кнопку Add.

Должно получится как на скриншоте:

Далее, в настройках Session указываем ip адрес сервера и жмем кнопку Open.